溴化氰裂解法是从完整蛋白质中得到较大的多肽片段来研究蛋白质序列和功能域的最常用的方法,溴化氰特异性地在 Met 的羧基侧发生裂解,裂解效率一般为百分之八十五。
鸭 Apo A-I 中含四个Met,从理论上说,如溴化氰在这些Met的羧基侧全部裂解,产物将是五个多肽片段,即AA 1—63、AA 64—73、AA 74—136、AA 137—206和AA 207—240,AA长度分别为63、10、63、70和34个。
由于溴化氰裂解效率一般为百分之八十五,所以还会产生一些不完全裂解的片段。实验结果表明:
溴化氰在Met63、Met73、Met206处能较有效低裂解,而在Met 136处裂解效率较低,此外在-Arg 170—GIn 171-之间发生异常裂解,产生出氨基酸136—170和氨基酸171—206两个片段,这也可能是使我们未能得到氨基酸74—136和氨基酸137—206片段的原因。
尽管如此,我们仍分析、纯化到了多个长短不同且位置各异的多肽片段,通过它们之间的相互比较,基本能满足研究功能域定位的需要。所以,选择溴化氰进行裂解是可行的。