溴化氰可以专一性的切割甲硫氨酸羧基端的肽键，且很少发生非特异性切割，是裂解隔阂蛋白最常用的试剂。然而用溴化氰裂解融合蛋白有时也会遇到一些困难。

  研究人员用百分之七十甲酸溶解包涵体，融合蛋白也不能被溴化氰裂解，说明溴化氰切割融合蛋白的效率受多种因素的影响。通过分析多种因素对溴化氰切割效率的影响，发现溴化氰在促溶剂（8mol/L尿素）的酸溶液中有较高的切割效率，切割效果可满足后续实验的要求。

  一般在溴化氰切割效率比较低的情况下，会通过增加溴化锂的量来提高切割效率。本实验通过分析发现当溴化氰的摩尔数与融合蛋白中 Met 的摩尔数满足一定的比例时（大约250:1），再增加溴化氰的量切割效率也没有明显变化，因此要注意避免吗继续增加溴化氰的量而增加操作危险性。

  本实验通过分析酸浓度及不同溶剂对切割效率的影响，发现进行溴化氰消化作用的反应介质是决定此方法是否成功的关键。酸性环境是溴化氰裂解融合蛋白所必须的，低pH环境可以通过抑制甲硫氨酸侧链的氧化而提高切割效率。且酸性越强越有利于亲核基团（羧基、氨基）的质子化作用，越有利于裂解反应的进行；而使用促溶剂的酸溶液作为反应介质比百分之七十甲酸更有利于融合蛋白中甲硫氨酸残基的暴露，便于小肽裂解，增加切割效率。

  在进行溴化氰切割融合蛋白的反应时，我们建议优先使用促溶剂（尿素等）的酸溶液作为溴化氰裂解融合蛋白的反应介质。尤其是对包涵体来说促溶剂比百分之七十甲醛的溶解效果更好，且研究人员证明蛋白质溶液于常温下可以再0.1mol/L氯化氢溶液中稳定存放几天。

  因此，本实验认为溴化氰在反应介质（8mol/L尿素，0.1mol/L氯化氢）中切割包涵体蛋白比较合适（可以根据实际情况调整酸浓度以提高切割效率），切割后的产物可以满足小肽的分离纯化等后续实验的要求。